El museo exhibe una colección de piezas líticas, cerámicas, textiles de la cultura Chachapoyas, así como elementos etnográficos de la comunidad de la zona.
El museo expone una colección de momias encontradas en la zona de Papahuasi y otros objetos pre-hispánicos.
El museo que permite hacer un recorrido histórico desde la prehistoria con la exhibición de restos fósiles de diversas épocas.
El museo exhibe variadas cerámicas, restos óseos, tejidos y murales hallados en excavaciones llevadas a cabo por la Misión Francesa en 1947.
El museo administrado por el obispado de Chachapoyas, exhibe la cultura de la zona con artesanías y productos elaborados por los pobladores. Así mismo, difunde la flora y fauna de la región Amazonas.
El museo alberga valiosas colecciones de piezas y textiles precolombinos, pinturas coloniales, platería y mobiliario colonial y republicano; así como, dibujos costumbristas.
