La administración de la colonia
La expansión de un aparato administrativo colonial y la burocracia fue paralela a la reorganización económica. El virreinato se dividió en audiencias (audiencias), que se subdividieron a su vez en provincias o distritos (corregimientos) y finalmente municipios, que incluían una ciudad o pueblo, gobernados por ayuntamientos (cabildos), compuestos por los ciudadanos más destacados, en su mayoría encomenderos en los primeros años y hacendados posteriormente.

El funcionario real más importante era el virrey, quien tenía una serie de responsabilidades que iban desde la administración general (particularmente la recaudación de impuestos y la construcción de obras públicas) y la defensa interna y externa hasta el apoyo de la iglesia y la protección de la población nativa. Estaba rodeado de varios otros funcionarios judiciales, eclesiásticos y de tesorería, que también informaban al Consejo de Indias, el principal órgano de gobierno con sede en España. Esta configuración de funcionarios reales, junto con una revisión oficial de su mandato llamada residencia, sirvió como un control sobre el poder virreinal.
En los primeros años de la conquista, la corona se preocupó especialmente por evitar que los conquistadores o encomenderos se establecieran como una aristocracia feudal capaz de frustrar los intereses reales. Por lo tanto, actuó rápidamente para sofocar los disturbios civiles que asolaron el Perú inmediatamente después de la conquista y para decretar las Nuevas Leyes de 1542, que privaron a los encomenderos y sus herederos de sus derechos sobre los bienes y servicios de los nativos americanos.
Las primeras funciones administrativas de los encomenderos sobre la población indígena (protección y cristianización) fueron asumidas por nuevos funcionarios designados por el estado llamados corregidores de indios (gobernadores de indios). Se les encargaba a nivel provincial la administración de justicia, el control de las relaciones comerciales entre nativos americanos y españoles y la recaudación del tributo. Los corregidores (magistrados españoles) fueron asistidos por curacas, miembros de la élite nativa, que habían sido utilizados por los conquistadores desde el principio como mediadores entre la población nativa y los europeos. Con el tiempo los corregidores utilizaron su oficina para acumular riqueza y poder para dominar la sociedad rural, estableciendo alianzas mutuas con las élites locales y regionales como los curacas, funcionarios nativos americanos, funcionarios municipales, sacerdotes rurales (doctrineros), terratenientes, comerciantes, mineros y otros, así como subordinados nativos y mestizos.
A medida que la autoridad política de la corona se consolidó en la segunda mitad del siglo XVI, también lo hizo su capacidad para regular y controlar la economía colonial. Operando de acuerdo con las restricciones mercantilistas de la época, la corona buscó maximizar la inversión en la producción de exportación valiosa, como la plata y luego otros productos minerales y agrícolas, al tiempo que abastecía al nuevo mercado colonial con importaciones de manufacturas, a fin de crear un equilibrio favorable de comercio con la metrópoli. Sin embargo, el monopolio comercial estrictamente regulado, con sede en Sevilla, no siempre pudo abastecer a las colonias de manera efectiva.
Assadourian muestra que la mayor parte de la demanda urbana y minera, particularmente entre la población trabajadora, fue satisfecha por la producción andina interna (ropa tosca, alimentos, mate té de yerba, cerveza, chicha y similares) de haciendas, comunidades indígenas y fábricas textiles (obrajes). Según él, el valor de estos productos andinos representaba entre el 60 y el 70 por ciento del valor de las exportaciones de plata y las importaciones de élite que unían Perú y Europa. En cualquier caso, la corona logró administrar la economía colonial de exportación mediante el desarrollo de un estado burocrático e intervencionista, caracterizado por una plétora de reglas mercantilistas que regulaban la conducción de los negocios y el comercio. Al hacerlo, España dejó un patrón mercantilista y orientado a la exportación y un legado de "desarrollo" en los Andes que ha sobrevivido hasta nuestros días y que sigue siendo un problema de subdesarrollo contemporáneo.
Fuente:[Rex A. Hudson, ed. Peru: A Country Study. Washington: GPO for the Library of Congress, 1992]