Este Acuerdo reemplaza el texto, anexos y protocolos del Acuerdo de Complementación Económica Nº 38 (registrado en ALADI como AAP.CE Nº 38), que había sido firmado el 22 de junio de 1998 y entrado en vigencia el 1ro de julio de 1998.
El acuerdo es un gran avance en las relaciones entre ambos países, debilitadas durante los gobiernos de Alejandro Toledo en Perú y Ricardo Lagos en Chile. En julio de 2006, los nuevos Presidentes Alan García y Michelle Bachelet, acordaron impulsar sus relaciones económicas con la firma de un acuerdo comercial. El Tratado entraría en vigencia cuando el Congreso Nacional de Chile lo ratifique.