
Las iglesias bautistas son consideradas iglesias protestantes, pese a que algunos de sus miembros no acepten esta identidad.
Como denominación, la Iglesia Bautista no tiene una estructura jerárquica establecida. Su sistema de organización y gobierno es congregacional, lo que otorga autonomía a las iglesias locales, dirigidas por pastores formados en seminarios propios de esta denominación, teniendo anteriormente un llamado pastoral, la cual es avalada por toda la congregación o en su mayor parte por los miembros oficiales de la iglesia.
El gobierno congregacional consiste en que la iglesia local tiene la máxima autoridad y poder de decisión, sin depender de otra Iglesia, grupo de Iglesias, o persona alguna, para regir su destino.
Esto le da derecho a sus miembros a la participación plena en la toma de decisiones en asuntos eclesiásticos, bajo la dirección del señorío de Jesucristo y según el modelo del Nuevo Testamento.
La Iglesia, sobre su autonomía, decide sobre los asuntos trascendentes y no trascendentes, sintiendo que Jesucristo es la cabeza, las Escrituras, la orientación y el Espíritu Santo su guía, el cual le ha de llevar a toda verdad.
Las iglesias comúnmente se asocian en organizaciones, asociaciones y convenciones. A su vez, muchas organizaciones nacionales forman parte de la Alianza Mundial Bautista.
Los Bautistas sólo reconocen en su organización dos oficios ministeriales, sobre todos sus miembros:
Pastores: Es la persona al que se le ha otorgado autoridad dentro de la iglesia para dirigir y cuidar de la congregación, liderando a los feligreses en la predicación del evangelio.
Diáconos: Que es considerado como un siervo, aquel que apoya al pastor en diversos aspectos o ramas, contribuyendo con el cumplimiento de la misión, la conservación de la feligresía y el avance de la obra.
